O Tribunal de Contas da União não identificou irregularidades nas decisões da Agência Nacional de Energia Elétrica em relação aos atrasos nas obras de implantação das usinas de Belo Monte, Jirau e Santo Antônio. A Aneel negou pedidos de excludente de responsabilidade para Belo Monte e Santo Antônio, por entender que os problemas alegados estavam dentro da esfera de gestão das empresas. No caso de Jirau, foram reconhecidos 52 dias de atraso  na construção, pelos quais a concessionária estaria isenta de qualquer penalidade. 

À exceção da Santo Antônio Energia, que ainda tem pendente a análise de um recurso administrativo, os outros dois processos foram julgados em definitivo pela Aneel. Decisões judiciais obtidas pela Norte Energia (responsavel  por Belo Monte) e pela Energia Sustentável do Brasil (proprietária de Jirau) impedem, porém, que a autarquia obrigue as empresas a arcar com as obrigações contratuais, o que impacta a liquidação no Mercado de Curto Prazo. No caso de Santo Antônio, decisões judiciais favoráveis à concessionária foram suspensas pelo Superior Tribunal de Justiça, o que obrigou a empresa a repor a energia não entregue dos contratos com as distribuidoras.
 
Belo Monte começou a operar a primeira das 24 unidades geradoras. O pedido de excludente feito à Aneel inclui atrasos de 441 dias na implantação das obrasdo sítio Pimental e 365 dias no sítio Belo Monte. O atraso em Pimental representa, segundo o TCU, descumprimento de contrato de cerca de 748 GWh. O valor a ser ressarcido às distribuidoras é de aproximadamente R$ 73,5 milhões em valores históricos.
 
Santo Antonio e Jirau também estão em operação comercial. No caso de Jirau, o pedido de excludente é de 535 dias. No caso de Santo Antônio, os atrasos ocorreram a partir da 32ª maquina da usina, que terá 50 unidades geradoras. A completa motorização está prevista para 1º de novembro desse ano.