Após o Tribunal de Contas da União ter levantado dúvidas sobre o cálculo do valor da energia de Itaipu e criticado a Eletrobras e a Agência Nacional de Energia Elétrica pela falta de controle e transparência, as envolvidas se defenderam. O TCU também criticou a falta de dados sobre a dívida de Itaipu, que incidiria no valor da tarifa da energia da usina.
Acusada pelo TCU de fornecer informações incompletas de maneira que não fosse possível atestar a correção do cálculo que resultou no repasse de US$ 2,85 bilhões às tarifas dos consumidores brasileiros entre 2007 e 2017, a Eletrobras em comunicado ao mercado alegou que as bases para fixação da tarifa de energia encontram-se definidas por tratado firmado entre Brasil e Paraguai e regulado por Notas Reversais firmadas pelas Chancelarias dos dois países que, posteriormente, são convertidas em Leis aprovadas pelos respectivos parlamentos. A estatal brasileira que compra a energia de Itaipu diz ainda que, no caso específico, a Lei 11.480/07 determinou a retirada do índice inflacionário do valor da dívida principal do Paraguai, o que resultou, em dez anos, nesse valor de, aproximadamente, US$ 2,8 bilhões, sendo a Eletrobras um fiel cumpridor da lei em vigor.
Já a Aneel, que o TCU imputou falta de controle e fiscalização ao homologar a tarifa de repasse, também esclareceu que o repasse dos custos foi negociado e acordado entre os governos brasileiro e paraguaio e que ficou acertada a retirada do fator de ajuste da inflação norte-americana de contratos de financiamento celebrados por Itaipu, que originalmente era repassado aos dois países. A Agência lembrou ainda que não tem competência fiscalizatória sobre Itaipu, mas que caso seja do interesse da sociedade que ela tenha essa atribuição, o Poder Legislativo poderá fazer esse aprimoramento legal.
