O procurador-geral da República, Augusto Aras, instaurou procedimento para que o Ministério Público Federal acompanhe as tratativas dos governos brasileiro e paraguaio para a criação da Comissão Binacional de Contas. Prevista no tratado que oficializou a constituição da hidrelétrica, a comissão tem a atribuição de fazer o controle dos atos e negócios da Usina de Itaipu. O tema é objeto de uma Ação Cível Ordinária em andamento no Supremo Tribunal Federal, que coloca em lados opostos a empresa e o Tribunal de Contas da União. O TCU entende ser competente para promover a fiscalização da usina. Porém o STF concedeu uma liminar que impede a atuação do tribunal. Aras também encaminhou parecer ao Supremo, no âmbito da ação judicial. Nesse caso, a manifestação é pelo prosseguimento do processo.

O PGR destaca a importância da conclusão do processo de criação da comissão. Para ele, o que torna o tratado que criou a empresa compatível com a transparência e fiscalização previstos na Constituição Federal é a previsão de mecanismos de controle. O parecer detalha o andamento da ação judicial, cujo propósito inicial era o de assegurar ao TCU o poder de exercer a fiscalização externa de todo o complexo hidrelétrico. Ao responder à Justiça Federal, a União alegou que a Itaipu Binacional tem natureza de pessoa jurídica pública de direito internacional e, por isso, não está sujeita a direito interno, mas a regime jurídico próprio de direito internacional. No decorrer do processo, foram rechaçados outros argumentos apresentados pelo TCU, como o de que a hidrelétrica é uma empresa supranacional de natureza pública.  A União frisou ainda que o complexo hidrelétrico não está contemplado na administração pública federal e que deve obediência apenas a normas especiais, sendo a principal delas o Tratado Internacional de 1973.

A discussão judicial envolvendo o tema chegou ao STF em 2012, em decorrência de reclamação do governo do Paraguai, que alegou incompetência jurisdicional da primeira instância para analisar demanda envolvendo Estado estrangeiro e a União. A ação seguiu a instrução processual regular, no entanto, antes de julgamento em Plenário, o TCU fixou entendimento no sentido de que era, sim, competente para fazer a fiscalização. Na manifestação, o procurador-geral menciona ainda o fato de a União ter informado ao Supremo a adoção de medidas classificadas como novas tentativas do TCU de fiscalizar os atos da hidrelétrica, mesmo após a concessão da liminar.

Com isso, Augusto Aras opinou pelo prosseguimento da ACO, cujo mérito deve ser apreciado pelo Plenário da Corte. No documento, ele informa ao relator da ação a instauração de procedimento extrajudicial no âmbito do MPF para acompanhar as providências de instalação da Comissão Binacional de Contas. A iniciativa cabe aos ministérios de Relações Exteriores do Brasil e do Paraguai e, conforme entendimento bilateral prévio, deve prever a realização de auditorias e fiscalizações.